Docking simulation of protein and RNA molecules by computer modeling and molecular dynamics calculation

Abstract

By molecular modeling coupled with Molecular Dynamics (MD) calculation, a simulation of binding of a large protein with its specific RNA (Ribonucleic Acid) was performed, and mechanism of their strict recognition was analyzed. The MD simulations with explicit water molecules suggest that dynamical aspects of the molecules are crucial for their recognition. The model obtained agrees well with experimental results, and can be tested by further biochemical experiments.

分子動力学(MD)計算を組み合わせた分子モデリングによって、特定のRNA(リボ核酸)に付随した分子量の大きな蛋白質の結合のシミュレーションを行い、正確な認識のメカニズムを解析した。明確な水分子を用いたMDシミュレーションにより、分子の動的側面がそれらの認識を決定づけていることが分かった。得られたモデルは実験結果と良く適合し、今後の生化学実験によって試し得るものである。