The construction of EST database for genome analysis of Bombyx mori

Abstract

Aiming at the genome analysis of Bombyx mori, construction of the EST (Expressed Sequence Tag) database through the analysis of cDNA (complementary Deoxyribonucleic Acid) libraries has been started. Since the gene expression patterns deeply depend on tissues as well as developmental stages, the following strategy was taken: cDNA libraries of various tissues (and different stages) were constructed by the directional cloning method. 1,000 cDNA clones were chosen at random from each library and cDNA sequences were determined from the 5' end, followed by gene identification with protein homology search in public protein databases. So far, over 15,000 cDNA derived from 20 cDNA libraries were determined, and 6,000 independent EST were identified. The construction of Bombyx BAC (Bacterial Artificial Chromosome) contigs by hybridization using independent ESTs as probes was started.

Bombyx moriのゲノム解析を目的として、cDNA(相補的デオキシリボ核酸)ライブラリーの解析によるEST発現配列標識)データベースの構築を開始した。遺伝子発現パターンは組織の違いと同じように発生段階に深く依存しているので、以下のような戦略をとった。方向指定的クローニング法により、様々な組織(そして様々な発生段階)のcDNAライブラリーを構築した。各ライブラリーから無作為に1,000のcDNAクローンを選んで、cDNAシーケンスを5'末端から決定し、次に公表されているタンパク質データベースを利用して、タンパク質相同性検索をおこない、遺伝子を同定した。20個のcDNAライブラリーに由来する15,000個のcDNAを決定し、6,000の独立したESTを同定した。独立したESTをプローブとするハイブリダイゼーションにより、Bombyx BAC(バクテリア人工染色体)コンティグの構築を開始した。