The construction of phylogenetic tree from the large scale data of gene sequences

Abstract

In order to predict a phylogenetic tree by the maximum likelihood method using gene sequences in a short time, a parallel program for this method, fastDNAml, was implemented to a supercomputer VPP500. Complete translation of fastDNAml to a VPP500 version was carried out. The phylogenetic tree for 66 full sequences of 16SrRNA (16S ribosomal Ribonucleic Acid) was constructed with this new program. Changing number of PEs (Processing Element), computational time was recorded to examine efficiency of new program. Results show that the computational time decreases with increasing the number of PE.

最尤法により系統樹を短時間に予測するために、この方法の並行プログラム(fastDNAml)を、スーパーコンピュータVPP500で実行した。fastDNAmlのVPP500版への翻訳を完全に行った。この新たなプログラムを用い、全配列66の16SrRNA(16Sリボソームリボ核酸)の系統樹を構築した。新たなプログラムの効率を調べるため、処理要素(PE)数を変えて計算時間を調べた。この結果、PE数が増加するに従い計算時間が減少することが明らかになった。