| タイトル | Construction of phylogenetic trees using maximum likelihood with a genetic algorithm |
| その他のタイトル | 遺伝アルゴリズムをともなう最大確度法による系統樹の構築 |
| 著者（日） | 松田 秀雄 |
| 著者（英） | Matsuda, Hideo |
| 著者所属（日） | 理化学研究所 |
| 著者所属（英） | Institute of Physical and Chemical Research |
| 発行日 | 1995 |
| 発行機関など | Institute of Physical and Chemical Research
理化学研究所 |
| 刊行物名 | High Performance Computing in RIKEN, 1995
High Performance Computing in RIKEN, 1995 |
| 巻 | Vol.1 |
| 開始ページ | 211 |
| 終了ページ | 212 |
| 刊行年月日 | 1995 |
| 言語 | eng |
| 抄録 | A new maximum likelihood method with a genetic algorithm which has novel encoding scheme, and crossover and mutation operators was developed to construct a phylogenetic tree. Performance of this method was measured by using amino acid sequences of an archaebacterium and 14 eukaryotes whose elongation factor is EF-1 alpha. Obtained result of log-likelihood score, -6,260.7 (best value), indicates that the performance of the present method is comparable to another widely used methods.
系統樹を構築するために、新たな符号化方式と交差・突然変異演算子をもった遺伝アルゴリズムをともなう、新規の最大確度法を開発した。本方法の性能は、EF-1αの伸長因子を有する1種の古細菌と14種の真核生物のアミノ酸配列を用いて見積もった。得られたlog確度スコアの結果(最良-6260.7)は、本方法の性能が他の広く用いられている方法に匹敵することを示している。 |
| キーワード | simulation; phylogenetic tree; maximum likelihood method; genetic algorithm; genetic sequence; amino acid sequence; molecular evolution; encoding scheme; crossover operator; mutation operator; log likelihood; シミュレーション; 系統樹; 最尤法; 遺伝アルゴリズム; 遺伝子配列; アミノ酸配列; 分子進化; 符号化方式; 交差演算子; 突然変異演算子; 対数尤度 |
| 資料種別 | Technical Report |
| ISSN | 1342-3428 |
| SHI-NO | AA0000561060 |
| URI | https://repository.exst.jaxa.jp/dspace/handle/a-is/50352 |
